產品品質及售後缺失
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該公司以旗下個人電腦整機產品的整體低廉的價格聞名，但產品的品質及售後一直都是該公司遭人詬病的地方。[21]部分神舟電腦的使用者指「神舟電腦品質差，售後服務更差」。[22]人民網舉辦的「維權萬人行」消費電子品質與售後調查活動調查結果顯示，神舟電腦在調查中得分僅略高於「攢機」（即自行組裝）。[23]
對創始人言行的爭議
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神舟創始人吳海軍由於言行過於不拘，經常引發爭議。
2008年5月汶川大地震過後，網路上流傳一張署名「吳海軍」的字條，文中直指不捐款的及「雖然捐了點小款，但又心有不甘背後議論廢話一堆」的神舟員工「滾蛋」。[24]此訊息引發了網路輿論的巨大爭議。[25]
吳海軍經常用冒犯性的語言宣傳自己的產品（2007年8月，吳表示「不買神舟電腦的人就是『被豬宰了』」；[26]2008年9月25日，吳稱「你再不買神舟電腦，我只能說你笨了」。[27]）雖然吳海軍總會把自己的語言加以解釋清楚，但這種言論經常引發民眾的反感。
2010年7月1日下午，神舟電腦2010年暑促發布會在北京香格里拉酒店舉行，吳海軍在會場上放言：「神舟的返修率是市場上最低的，不是之一。」之後還當眾將四台剛剛上市的新品從講台上拋下，然後驗證這些筆記本依然能夠正常開機。此舉被許多人批評為「做秀」。另外該人還說了諸如「我很欣賞周扒皮」、「最終國內電腦品牌也只有兩個——一個是聯想一個是神舟」等爭議話語。[28]
「顯示卡門」事件
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2008年夏，世界最大的顯示晶片廠商輝達（NVIDIA）爆發大面積顯示晶片品質問題。[29]而此時的神舟回應媒體稱旗下使用問題晶片的筆記型電腦「未發現異常」。[30]。但之後的一至兩年內，不斷有使用者向神舟售後部門報修自己顯示卡出問題的筆記本電腦。而神舟對故障機僅予維修而拒絕更換部件，導致故障無法得到徹底解決，屢修屢壞。並且神舟沒有就此顯示卡事件對受影響使用者作任何官方的聲明，此事件導致神舟電腦的名譽受到極大影響。[31]
有關「小影霸」商標的糾紛與仿冒事件
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1995年4月，神舟電腦的前身新天下實業代理發行台灣聰泰科技開發的MPG-256電影卡時，為銷售方便，在上面貼上「小影霸」標籤。而後，經過一系列的公關處理，新天下成功地奪得了當時在雙敏電子旗下的香港萬通國際發展有限公司手中的「小影霸」商標的使用權，由此雙敏電子放棄了「小影霸」的商標所有權。
2003年，市場上突然出現了一個名為「小影霸威馳」的顯示卡系列，持有者為華天科技。對此新天下聲稱其為侵權並將付諸法律仲裁。[32]不久仿冒的「小影霸威馳」顯示卡系列從市場消失。
此後，一個名為「香港小影霸」的品牌悄悄建立，愈演愈烈，該品牌在型號的命名上極其相似神舟旗下的「小影霸」系列，最後因將GeForce 7300GS晶片打磨為GeForce 9500GT晶片出售的行為被媒體曝光。對此目前負責研發「小影霸」的深圳市神舟新銳電腦裝置有限公司發表聲明[33]：
“
深圳市新天下科技有限公司（現名深圳市神舟新銳電腦裝置有限公司）是國內知名的顯示卡、主機板製造商，憑藉14年專業的研發、製造經驗，一直以來為廣大消費者提供著物美價廉的好產品，在業界頗受好評。新天下科技旗下的「小影霸」品牌顯示卡，在廣大消費者中享有美譽。然而目前在市場上發現了許多仿冒小影霸顯示卡的偽劣假貨，這些所謂的「香港小影霸」、「廣州小影霸」、「小影霸幻雷者」等假冒顯示卡完全是粗製濫造的低劣產品，不僅嚴重擾亂了市場秩序，損害了廣大消費者的權益，而且對新天下科技公司信譽度造成嚴重影響。
”
——深圳市神舟新銳電腦裝置有限公司